Rantarou, Shinbei et Kirimaru sont des apprentis ninjas du Ninja Gakuen, où les élèves de première année sont appelés "Nintamas" (contraction des mots ninja + tama (œuf). Ils doivent apprendre tout ce qu'un ninja doit savoir, mais quant à nos héros, l'argent, la nourriture ou le jeu sont plus intéressants. La série montre les aventures quotidiennes de nos héros, segmentées à la manière d'un dessin animé, comme 2 petits épisodes dans une série de 30 minutes. Le casting comprend également les professeurs. (Doi-sensei et travesti Yamada-sensei), nintama kunoichis, méchants (ninjas Dokutake) et même des membres de la famille de tous les acteurs... (Source : Anime News Network)