

En 2012, le Japon a été envahi par les Mu. Des êtres humains d'une autre dimension avec du sang bleu. En 2015, Tokyo est attaquée par des envahisseurs, qui sont repoussés par une arme humanoïde appelée Dolem. Pendant le chaos, Ayato Kamina rencontre Reika Mishima, une camarade de classe. Le même jour, il est attaqué par des représentants du gouvernement mais une femme nommée Haruka vient à son secours, l'informant qu'elle a été envoyée pour le récupérer par l'Organisation TERRA et que Tokyo a été enfermée dans une faille temporelle où le temps s'écoule un tiers plus vite que le monde extérieur. Il s'enfuit d'Haruka dans un train où il revoit Reika. En arrivant dans la Chambre de Rah, il la suit jusqu'à un énorme œuf d'où est éclos le Dolem RahXephon, et pendant qu'elle chante, sa mère apparaît au sommet du Dolem qui avait arrêté l'invasion de TERRA. Dans la bataille, la mère d'Ayato est blessée et Ayato fuit Tokyo Jupiter avec Haruka après avoir vu le sang bleu de sa mère.
Ayato KaminaPrincipal
Haruka ShitowPrincipal
Reika MishimaPrincipal
Quon KisaragiPrincipal
Maya KaminaSecondaire
Elvy HadhiyatSecondaire