Un jour, Red, un garçon rêvant de partir en voyage Pokémon, est appelé dans le laboratoire du professeur Okido. Là, lui et son rival Vert reçoivent un Pokédex afin de collecter des données sur tous les Pokémon de la région. Alors que Red s'efforce de devenir champion avec son Salamèche, il rencontre de nombreuses personnes au cours de son voyage, dont le vieil homme Fuji, un homme qui gère la maison des Pokémon abandonnés, et Reina, une fille qui y travaille. Alors que le danger dans le voyage de Red commence à atteindre son apogée, lui et son partenaire Pokémon vivent une transformation comme jamais auparavant... (Source : Anime News Network)