La deuxième saison d'Ansatsu Kyoushitsu.
Les étudiants reviennent alors que l'école reprend ses cours pour le deuxième semestre. Suite à leurs exploits sur l'île pendant les vacances d'été, la classe 3-E continue d'aiguiser ses lames en visant leur professeur, le glissant Koro-sensei. Cependant, ils n'ont pas seulement à s'inquiéter de leur professeur, car les assassins ennemis, anciens et nouveaux, cherchent à obtenir une prime accrue sur la tête de la pieuvre.
De plus, leurs rivaux de la classe A, ainsi que le redoutable directeur du Kunugigaoka Junior High, risquent d'empêcher la classe E d'atteindre l'excellence académique. Avec tous ces obstacles qui les opposent, le groupe doit continuer à travailler ensemble pour vaincre ses ennemis et atteindre son objectif d'assassiner avec succès son professeur.