Deux années se sont écoulées depuis le raid du CCG sur Anteiku. Bien que l’atmosphère à Tokyo ait radicalement changé en raison de l’influence accrue du CCG, les goules continuent de poser un problème car elles ont commencé à faire preuve de prudence, en particulier l’organisation terroriste Aogiri Tree, qui reconnaît la menace croissante que représente le CCG pour leur existence.
La création d’une équipe spéciale, connue sous le nom de Quinx Squad, pourrait fournir à la GCC l’impulsion dont elle a besoin pour exterminer les résidents indésirables de Tokyo. En tant qu'humains ayant subi une intervention chirurgicale afin d'utiliser les capacités spéciales des goules, ils participent à des opérations visant à éradiquer ces créatures dangereuses. Le chef de ce groupe, Haise Sasaki, est un mi-goule, mi-humain qui a été formé par le célèbre enquêteur de classe spéciale, Kishou Arima. Cependant, ce jeune homme a bien plus à offrir qu'il n'y paraît, alors que des souvenirs inconnus lui viennent à l'esprit, lui rappelant peu à peu la personne qu'il était.