L'effet Caligula se déroule dans un programme de réalité virtuelle connu sous le nom de "Mobius", créé pour que les gens puissent échapper à la douleur de leur vie et vivre dans un cadre idyllique de lycée, obligés de vivre leurs 3 ans indéfiniment. Le protagoniste principal fait partie d'un groupe qui se rend compte qu'il se trouve dans un monde virtuel et forme le "Go-Home Club", un groupe dédié à échapper à Mobius et à son programme de surveillant divin, un programme vocal appelé "μ". Ils s'opposent aux "Ostinato Musicians", un groupe qui soutient μ et considère le Go-Home Club comme des traîtres.