Le Festival Daihasei a commencé, et cela signifie bien sûr que le Tokiwadai Middle School, un prestigieux collège réservé aux filles, est également en compétition. Malgré la participation de « l'As du Tokiwadai », Mikoto Misaka, les autres étudiants participants continuent de déployer tous leurs efforts pour gagner, aussi impossible que puisse paraître l'exploit contre sa force. Cependant, tout n’est pas amusant et ludique. Grâce au festival, Academy City s'ouvre sur le monde extérieur et diverses factions ont commencé à planifier des moyens d'infiltrer la ville. Misaka semble être sur leur radar, et à mesure que le festival avance, des gens qui sortent de l'ombre commencent à émerger... Toaru Kagaku no Railgun T ramène Tokiwadai Ace et ses amis alors qu'ils plongent plus profondément dans le côté obscur d'Academy City. Des attaques terroristes aux projets souterrains impitoyables, tout est possible dans cette ville. (Source : MAL Réécriture)