Nous sommes en 2005. Vingt et un ans après que les héroïques Autobots et les maléfiques Decepticons aient repris leur guerre sans fin sur la planète Terre, les Decepticons ont conquis la planète natale des robots, Cybertron. Après une attaque surprise des Decepticons, les deux factions se livrent une bataille épouvantable à Autobot City. Au milieu de la bataille, le chef des Autobots Optimus Prime meurt lors de son combat avec le chef des Decepticons Megatron. La matrice de leadership Autobot est ensuite transmise au commandant en second Ultra Magnus. Pendant ce temps, un Megatron gravement endommagé est largué par Starscream dans l'espace lointain, où il rencontre le robot mangeur de planètes Unicron et renaît sous le nom de Galvatron, le nouveau leader des Decepticons. Avec la montée du règne de Galvatron et l'arrivée imminente d'Unicron sur l'orbite de Cybertron, les Autobots doivent agir rapidement et protéger la Matrice ou faire face à l'anéantissement total.
(Source : Anime News Network)