Dans une certaine ville régionale du Japon appelée Fuyuki City, on dit qu'un Saint Graal apparaît toutes les quelques décennies, capable d'exaucer n'importe quel souhait à son propriétaire. Sept magiciens concluent des contrats avec sept esprits héroïques et s'engagent dans le conflit connu sous le nom de guerre du Saint Graal pour obtenir le Saint Graal. Rin Tohsaka, qui a grandi dans une famille de magiciens, vise également à participer à la guerre du Saint Graal, suivant l'héritage de son père Tokiomi Tohsaka. Cependant, alors qu'elle tente d'invoquer le plus grand esprit héroïque, Saber, les choses prennent une tournure inattendue...