Adaptation manga du deuxième volet de la franchise Ninja Slayer. Après la défaite de Laomoto Khan face à Fujikido et Naraku Ninja, le Syndicat Soukai n'existe plus. Cependant, sa chute a permis à la guilde des ombres Zaibatsu d'imposer son règne sur la République de Kyoto : croyant que les ninjas sont supérieurs aux humains et vivent pour les gouverner, ils inaugurent une nouvelle ère de terreur. Avec une nouvelle détermination à poursuivre sa quête de vengeance, Ninja Slayer se lance dans un nouveau voyage pour exterminer tous les ninjas.