Shaymin, le paisible Pokémon Gratitude, vit heureux dans les forêts et les champs de fleurs. Mais un jour, Shaymin est accidentellement entraîné dans une bataille entre le légendaire Pokémon Giratina et Dialga. Emmené loin de chez lui, Shaymin est retrouvé par Sacha, Dawn et Brock, qui découvrent bientôt que ce nouveau Pokémon est plein de surprises ! Bien sûr, la Team Rocket veut mettre la main sur Shaymin, tout comme un homme mystérieux nommé Zero. Même Giratina est à la poursuite de ce petit Pokémon – et qu'est-ce que Giratina et Shaymin ont à voir avec la dimension connue sous le nom de Monde inversé ?