

L'histoire de Maria-sama ga Miteru tourne autour des élèves de l'école catholique pour filles de Lillian et peut être considérée comme axée sur les personnages, se concentrant sur les interactions entre les personnages plutôt que sur toute sorte d'intrigue ou d'objectif en cours à atteindre. À l'école de filles Lillian, il existe une tradition connue sous le nom de système sœur (sœur signifiant « sœur »), dans laquelle une élève de deuxième ou de troisième année, la grande sœur (« grande sœur »), donnera son chapelet à une élève junior, la petite sœur (« petite sœur »), et promettra de s'occuper d'elle et de la guider. Lorsque l'histoire commence, Yumi Fukuzawa, une nouvelle élève de première année admise à Lillian, est en train de prier devant la statue de la Vierge Marie près de l'entrée de l'école lorsqu'elle est soudainement approchée par une élève froide de deuxième année nommée Sachiko Ogasawara qui redresse le ruban de l'uniforme de Yumi. Cet acte de gentillesse apparemment simple reste avec Yumi le reste de la journée, et elle parle de sa rencontre avec Sachiko à ses amis pendant les cours et le déjeuner. Une fois l'école terminée, Tsutako Takeshima, camarade de classe de Yumi, rencontre Yumi pour lui montrer qu'elle a pris une photo de la rencontre de Yumi avec Sachiko plus tôt dans la matinée. Yumi demande si elle peut avoir la photo, mais Tsutako dit qu'elle lui donnera la photo à deux conditions : l'une étant que Tsutako puisse l'afficher lors du prochain festival scolaire, et la deuxième étant que Yumi obtienne la permission de Sachiko pour le faire également. Yumi accepte, ce qui déclenche une série d'événements impliquant l'ensemble du Yamayurikai, le conseil étudiant de l'école. Quelques semaines après sa première rencontre avec Sachiko, Yumi accepte le chapelet de Sachiko et accepte donc de devenir sa petite sœur. Cela intronise officiellement Yumi au Yamayurikai où elle les assiste dans les affaires scolaires au même niveau que les deux autres petites sœurs — Yoshino Shimazu et Shimako Toudou — qui sont respectivement les petites sœurs de Rei Hasekura et Sei Satou. Grâce à ses activités au sein du Yamayurikai, Yumi se rapproche des autres membres et trouve généralement ses expériences avec le groupe agréables.
Yumi FukuzawaPrincipal
Rei HasekuraPrincipal
Youko MizunoPrincipal
Sachiko OgasawaraPrincipal
Sei SatouPrincipal
Yoshino ShimazuPrincipal