

L'histoire commence dans un futur proche, lorsque les océans de la Terre se sont élevés et ont inondé la majeure partie des terres marines de la Terre. Le scientifique voyou Zorndyke a provoqué l'inondation, qui a tué d'innombrables personnes, et la plupart des villes restantes de l'humanité ont été attaquées ou détruites par l'armée d'« hybrides » mi-animaux de Zorndyke. Les humains restants commencent à faire la guerre aux créations maritimes de Zorndyke pour simplement survivre. Le meilleur espoir de l'humanité pour une résolution du conflit réside dans ses forces sous-marines, parmi lesquelles se trouve le centre de l'histoire, Blue Submarine #6. Il est révélé que Zorndyke tente de mettre fin de manière décisive au conflit en faveur de ses enfants hybrides en induisant artificiellement un changement polaire en utilisant l'énergie géothermique au pôle Sud.