

La série se déroule plusieurs années après une guerre dévastatrice, qui a tué 80 % de la population mondiale. La Terre est surveillée par un groupe d'êtres connus sous le nom de Le Troisième, originaires d'une ville appelée Hyperius. Ils portent le nom d'un œil rouge en forme de bijou sur leur front (Space Eye) qui sert de port pour l'accès aux données et à d'autres types de communication. Ces êtres se sont engagés à protéger les humains du mal. L'un des principaux moyens de protéger les humains est de contrôler la quantité de « technos » ou de technologies auxquelles les humains ont accès, ce que l'on appelle le « tabou technos ». Les humains trouvés utilisant des technos interdites pourraient être tués par le meilleur "autoenforcer" de The Third, un robot IA nommé Bluebreaker. Il suit les aventures de Honoka, une jeune fille de 17 ans qui est humaine, mais qui est également née avec un troisième œil bleu. Le Troisième a découvert qu'elle ne pouvait pas interagir avec le reste du Troisième et l'a donc déclarée mutation et l'a laissée avec des parents humains. Son œil bleu lui permet de voir Chi et de l'utiliser pour trouver des ennemis masqués et ressentir les émotions de tous les êtres vivants. Honoka est une touche-à-tout qui voyage à travers la terre aride avec l'aide d'un réservoir de sable exploité par Bogie, un gardien IA que lui a donné son grand-père. Elle gagne sa vie en effectuant diverses tâches avec le réservoir, comme débarrasser les zones des araignées et des fourmis surdimensionnées et escorter ou transporter les clients. Une nuit, alors qu'elle voyage à travers le désert, elle tombe sur un homme étrange nommé Iks. Il est arrivé sur la planète dans un but qui n'est clair que dans le dernier épisode. Le Troisième est également nerveux à l'idée de son arrivée et craint de chercher à nuire aux humains. Afin de mieux comprendre le monde, Iks passe un contrat avec Honoka pour l'accompagner dans la plupart de ses voyages. En voyage ou la nuit, elle récite des poèmes d'un écrivain nommé "Dona Myfree" (orthographe exacte inconnue à l'heure actuelle).