Ashita no Nadja est l'histoire d'une jeune fille qui a grandi dans un orphelinat en Angleterre. Un jour, elle apprend qu'elle n'est peut-être pas orpheline après tout et se retrouve soudain poursuivie par des hommes étranges. Elle finit par fuir l'orphelinat et rejoint une troupe itinérante d'artistes. La série suit ses voyages à travers l'Europe alors qu'elle tente de retrouver sa mère et de découvrir qui elle est vraiment. Elle rencontre beaucoup de nouvelles personnes, se fait beaucoup d'amis et tombe amoureuse de deux garçons : Francis, le fils d'une famille riche, et la Rose Noire, un mystérieux voleur masqué.