

Le décor de Fate/Apocrypha est un monde parallèle à Fate/stay night où le Grand Graal a été retiré de Fuyuki après la Troisième Guerre du Saint Graal et a disparu pendant de nombreuses années. Vers les années 2000, à peu près au même moment où la Cinquième Guerre du Saint Graal aurait eu lieu, le groupe qui a pillé le Graal, Yggdmillennia, déclare ouvertement sa sécession de l'Association des Mages et qu'il est en possession du Graal. L'Association envoie cinquante mages pour le récupérer, mais tous sauf un sont instantanément massacrés par Lancer of Black. Celui qui reste parvient à activer le système de réserve du Grand Graal, permettant d'invoquer quatorze Serviteurs au total. Cela marque le début de la Grande Guerre du Saint Graal à Trifas, mettant en vedette deux factions différentes, la Faction Noire, dont les membres font partie d'Yggdramillennia, et la Faction Rouge, dont les membres ont été envoyés par l'Association des Mages à l'exception d'un de l'Église. Le Graal lui-même appelle également Ruler à agir en tant que médiateur dans la guerre du Saint-Graal.
Jeanne d'ArcPrincipal
AstolfoPrincipal
SiegPrincipal
BedivereSecondaire
Gilles de RaisSecondaire
SemiramisSecondaire